Le comité d’orientation est une instance ad-hoc présidée par le Commissaire en Charge de l’Agriculture, de l’Environnement et des Ressources en eau de la CEDEAO. Il est composé du Commissaire en charge de l’Agriculture, de l’Environnement et des Ressources en Eau, du Directeur de l’Agence, du Directeur du Fonds et d’un représentant des organisations des producteurs agricoles. Le comité se réunit deux fois l’année pour valider le plan annuel de travail, les projets et programmes portés par les acteurs régionaux. La dernière session de l’année est prioritairement consacrée à l’analyse des rapports d’évaluation interne ou externe commanditée par l’Agence.